América Indígena en 1968 publicó la traducción de la famosa polémica en torno a la controvertida obra de Oscar Lewis reproduciendo las reseñas de "Los Hijos de Sánchez", "Pedro Martínez" y "La vida" elaboradas por dieciséis antropólogos, invitados a tal efecto por Current Antropology con la respuesta de Lewis a las mismas. El número 2 de 1969 cuestionó el compromiso de la labor del antropólogo que labora en instituciones oficiales con el artículo de A. Davis "Una Tolvanera: Apogeo y declinación de un instituto de investigación". Primer indicio de la ruptura de antropólogos con políticas oficiales de los gobiernos. La misma edición incluye el trabajo de Charles Erasmus "El síndrome encogido y el desarrollo de la comunidad" con las críticas de distintos autores y las réplicas correspondientes. La polémica en América Indígena sobre los síndromes del "entrón" y el "encogido", extraña aplicación del psicoanálisis freudiano a la antropología social, que se prolonga hasta 1970, marcó la declinación definitiva de la escuela de la cultura y personalidad y su ingerencia en la antropología aplicada.

En la tercera edición de 1969 aparece una fuerte réplica de Alfonso villa Rojas a Daniel Cazés y los integrantes de la "antropología crítica mexicana" así como nuevos ecos de la polémica suscitada por los artículos de Davis que se repetirán en 1970.

La gestión del Dr. Aguirre Beltrán se interrumpe debido a su designación como Subsecretario de Educación Popular y Director del Instituto Nacional Indigenista de México, el 22 de enero de 1971. Alfonso Villa Rojas asumió la Subdirección del I.N.I. y Demetrio Sodi Morales la Dirección hasta el mes de junio, en forma interina. Se editan dos números de América Indígena.

La segunda entrega de América Indígena se dedica a "Problemas de Transculturación en la Frontera de México y los Estados Unidos de Norteamérica" y contiene además el famoso artículo de E. Wolf y J. Jorgensen "Antropología en pos de la guerra" donde se cuestiona el rol de los antropólogos sociales en actividades bélicas y de inteligencia en Tailandia, el cual será rebatido por G. Foster en el número 4 de ese mismo año.

El 5 de abril de 1971 es designado el Dr. Gonzalo Rubio Orbe, Director del Instituto, ecuatoriano, educador, ex Director del Instituto Indigenista de su país. Es un conocido indigenista de larga trayectoria. Lo acompañó en su gestión el Dr. Alejandro Marroquín, salvadoreño, egresado de la ENAH, con gran prestigio intelectual y político en su país, fundador de la Unión Nacional de Trabajadores y con importantes trabajos de campo en México. También se incorporó Andrés Medina, antropólogo mexicano, como colaborador técnico. Sodi permanecerá como Secretario hasta 1973, Patricia Palacios Sierra como Secretaria en 1974. El antropólogo Sergio Delgado es nombrado en 1975, Secretario del Instituto, cargo que desempeña hasta la actualidad.

Lo más notable del trabajo editorial del Dr. Rubio son los números monográficos por países.

Esta política editorial tuvo sus antecedentes en 1965 con motivo de los 25 años de América Indígena en el que se editó un número que reseña la vida de las publicaciones y del Instituto. En 1941 y 1960 se dedicaron también números a los directores fallecidos (M. Sáenz y M. Gamio). Pero el plan de trabajo propuesto excede con creces estos intentos. La preocupación no está dirigida hacia temas específicos sino que apunta a realizar un balance de la situación indígena en el continente, este esfuerzo tiene su antecedente más cercano entre 1961-62 en que se elaboró una Guía de la Población Indígena de América publicada parcialmente en el Boletín e íntegramente en el Anuario de 1962. En esta línea de trabajo, el Dr. Alejandro Marroquín, Jefe de Investigaciones Antropológicas había elaborado antes de ingresar al Instituto, con apoyo de la OEA, su conocida obra "Balance del Indigenismo", otra publicación importante del Instituto. Con este objetivo también se organizaron números monográficos por países que contienen artículos arqueológicos, etnohistóricos, etnográficos, antropológicos y sobre política indigenista. Cada uno de ellos fue en sí un balance y actualización de la situación indígena en ese país. Colaboraron en éstos los más distinguidos científicos nacionales. Se publicaron números sobre todos los países que integran el Instituto, quedando pendientes los correspondientes a Paraguay, Honduras, Nicaragua y Canadá. También se elaboran dos números temáticos sobre la mujer campesina y la salud en la situación intercultural.

Los Anuarios tienen también cambios en su estilo editorial. En 1972 reproduce los informes y acuerdos del VII Congreso Indigenista Interamericano celebrado en Brasilia y los restantes números hasta 1976 están dedicados a reflejar la vida interna del Instituto, aunque en algunos casos se incluyen artículos científicos y de política indigenista.

En 1973 se incorpora el Dr. Raúl Alfonso García, boliviano y abogado de profesión, quien desempeñó en su país la presidencia del Consejo Nacional de Reforma Agraria, preocupado por las poblaciones indígenas se vinculó al Instituto donde aún permanece. Sus funciones estuvieron centradas en la edición de América Indígena, Anuario Indigenista y los libros del Instituto, además se ocupa de la elaboración del Noticiero Indigenista. Esta sección había aparecido en forma esporádica hasta que se organizó como apéndice de las publicaciones periódicas en el número 3 de 1969, de América Indígena. El Dr. García le da una estructura periodística al Noticiero. En 1979, el Noticiero se separa de la Revista y aparece como publicación independiente. Las razones de este cambio son de orden práctico y están destinadas a lograr un medio de comunicación rápida y ágil que transmita las novedades al mundo indigenista.