El Dr. León-Portilla estableció acuerdos de cooperación con la UNAM para la edición de América Indígena con el compromiso de mantener una sección referida a Mesoamérica. En su gestión logró duplicar la cantidad de páginas de América Indígena y se publicaron una serie de artículos científicos que son de consulta obligatoria para los especialistas actuales. Autores tales como Vogt, Holland, Albó, Villa Rojas, Spalding, Lispuchtz, Cardoso de Oliveira, Buitrón, Héctor Martínez y otros investigadores destacados aparecen en sus páginas y así América Indígena y Anuario vuelven a ser testigos de fuertes polémicas sobre los rumbos de indigenismo.

El Dr. Gonzalo Aguirre Beltrán sucedió al Dr. León-Portilla al terminar su mandato. Aguirre Beltrán, mexicano y médico de profesión se interesó originalmente por los problemas de las poblaciones afroamericanas y la salud en situaciones interculturales, vinculándose con las poblaciones indígenas llegó a desempeñar altos cargos en las instituciones indigenistas de su país, ex Rector de la Universidad Veracruzana, Subsecretario de Educación Popular y Director del Instituto Nacional Indigenista es considerado uno de los teóricos más importantes de la antropología mexicana. Colaboraron con él en el Instituto, Alfonso Villa Rojas como Jefe de Investigaciones Antropológicas, Demetrio Sodi en la Secretaría General y Víctor M. Castillo F. de Subsecretario. El Dr. Aguirre Beltrán dio un nuevo impulso a las publicaciones tratando de darles unidad temática y organización dinámica. Bajo su dirección América y Anuario ya no se conciben como lugares donde se publican artículos científicos o de política indigenista sino más como instrumentos para la acción y discusión tanto científica como práctica.

Durante su gestión como Director publicó Regiones de Refugio, obra que marcó un hito fundamental por su importancia para la antropología, el indigenismo y la proyección a nivel interamericano del Instituto.

En esa época desaparece la sección editorial de la Revista, tanto el Director como el Jefe de Investigaciones Antropológicas expresan su opinión como cualquier otro articulista. También transformó la organización de la revista, a la sección Artículos habitualmente miscelánica, se agregó Información y Documentación. La primera sección estaba destinada a reproducir declaraciones e informes de importancia para las ciencias sociales y el indigenismo. En la otra se incluyeron el registro bibliográfico de obras antropológicas sobre América Latina y legislaciones indigenistas para apoyar la investigación independiente en los diversos países. La sección Reseñas Bibliográficas tuvo una suerte cambiante y en muchos casos fue eliminada aunque se mantuvo el Registro Bibliográfico para seguir orientando a los lectores.

En el tercer trimestre de 1969 se agregó el Noticiero Indigenista. Esta sección había tenido varios cambios desde 1961, cuando el Anuario sustituyó al Boletín. Antes las noticias eran el núcleo fundamental del Boletín, pero en el Anuario fue incluido como un artículo más, elaborado por el Jefe de Investigaciones. El Anuario era un mecanismo de información sobre la marcha y administración de proyectos del Instituto y las entidades indigenistas nacionales. Mientras que el Boletín por sus características reflejaba más la vida del movimiento indigenista y el surgimiento de las organizaciones indígenas del continente. Sus páginas eran caja de resonancia de denuncias, demandas y reuniones de todo tipo realizadas por los étnicos, constituyéndose por sus características en un valioso documento.

El Anuario fue pensado por Aguirre Beltrán como una herramienta de discusión y elaboración de políticas indigenistas. El primero que él editó (1967) mantuvo todavía cierto carácter administrativo y contiene los informes del Director saliente. El de 1968 publicó las ponencias del VI Congreso Indigenista Interamericano; el Anuario de 1969 publicó una selección de ponencias de la XXVIII Reunión de la Sociedad para la Antropología Aplicada, incluyéndose allí artículos realmente polémicos. En este número el Dr. Aguirre Beltrán hizo una reseña histórica de la política indigenista en América Latina, donde analizó las relaciones de las sociedades nacionales con los grupos étnicos, la defensa que éstos hacen de su identidad y planteó que el desafío para los antropólogos es construir un modelo de nación original y distinto del europeo. Por su parte G. Bonfil Batalla, R. Seda Bonilla, A. Palerm, P. Dozier y R. Bastien analizaron, evaluaron y cuestionaron desde distintos ángulos la práctica y la teoría de las ciencias sociales aplicadas. Este tema planteado por vez primera tan claramente en 1969, continuó en el Anuario de 1970, que incluyó las ponencias del Simposio sobre Problemas Étnicos de la Sociedad Contemporánea del XXXIX Congreso Internacional de Americanistas en Lima coordinado por Mario Vázquez y Gonzalo Aguirre Beltrán y otros artículos relacionados con el tema que no fueron presentados al mismo. Esta edición es de consulta obligada para cualquier discusión sobre cuestiones de identidad, etnias, análisis del trabajo misional y en sus páginas se expusieron las posiciones de quienes un año después constituyeran el grupo de Barbados.