El Anuario Indigenista fue pensado por Aguirre Beltrán como una herramienta de discusión y elaboración de políticas indigenistas. El primero que él editó (1967) mantuvo todavía cierto carácter administrativo y contiene los informes del Director saliente; el de 1968 publicó las ponencias del VI Congreso Indigenista Interamericano; el de 1969 publicó una selección de ponencias de la XXVIII Reunión de la Sociedad para la Antropología Aplicada, incluyéndose allí artículos realmente polémicos. En este número Aguirre Beltrán hizo una reseña histórica de la política indigenista en América Latina, donde analizó las relaciones de las sociedades nacionales con los grupos étnicos, la defensa que éstos hacen de su identidad y planteó que el desafío para los antropólogos es construir un modelo de nación original y distinto del europeo. Este tema planteado por vez primera tan claramente en 1969, continuó en el Anuario de 1970, en el que se incluyeron las ponencias del Simposio sobre Problemas Étnicos de la Sociedad Contemporánea del XXXIX Congreso Internacional de Americanistas en Lima, coordinado por Mario Vázquez y Gonzalo Aguirre Beltrán. Esta edición fue de consulta obligada para cualquier discusión sobre cuestiones de identidad y etnias; en sus páginas se expusieron las posiciones de quienes un año después constituyeran el grupo de Barbados.

Durante su gestión como Director publicó "Regiones de Refugio", obra que marcó un hito fundamental por su importancia para la antropología, el indigenismo y la proyección del Instituto y de México a nivel interamericano.

En 1968 América Indígena publicó la traducción de la polémica en torno a la obra de Oscar Lewis reproduciendo las reseñas de "Los Hijos de Sánchez", "Pedro Martínez" y "La vida" elaboradas por antropólogos. El número 2 de 1969 cuestionó el compromiso de la labor del antropólogo que labora en instituciones oficiales con el artículo de A. Davis "Una Tolvanera: Apogeo y declinación de un instituto de investigación", que fue el primer indicio de la ruptura de antropólogos con las políticas de los gobiernos. La misma edición incluye el trabajo de Charles Erasmus "El síndrome encogido y el desarrollo de la comunidad", que desencadena una polémica que se prolonga hasta 1970. En la tercera edición de 1969 aparece una fuerte réplica de Alfonso villa Rojas a los integrantes de la "antropología crítica mexicana".

La gestión del Dr. Aguirre Beltrán se interrumpe el 22 de enero de 1971, debido a su designación como Subsecretario de Cultura Popular y Educación Extraescolar y Director del Instituto Nacional Indigenista de México. Ese año se editan dos números de América Indígena; el segundo se dedica a "Problemas de Transculturación en la Frontera de México y los Estados Unidos de Norteamérica".

El 5 de abril de 1971 es designado Director del Instituto el Dr. Gonzalo Rubio Orbe, ecuatoriano, educador, ex Director del Instituto Indigenista de su país, conocido indigenista de larga trayectoria. Lo más notable del trabajo editorial del Dr. Rubio son los números monográficos por países. La orientación de las publicaciones no está dirigida hacia temas específicos sino que apunta a realizar un balance de la situación indígena en el continente. En esta línea de trabajo se publicó la obra "Balance del Indigenismo", de Alejandro Marroquín, quien la había elaborado con apoyo de la OEA antes de ingresar al Instituto. Siguiendo esa tendencia se estructuraron númerosas monografías por países, que contienen artículos arqueológicos, etnohistóricos, etnográficos, antropológicos y sobre política indigenista. Cada uno de ellos fue en sí un balance y actualización de la situación indígena en cada país. También se elaboran dos números temáticos sobre la mujer campesina y la salud en la situación intercultural.